"L'humanité ne peut rien obtenir sans sacrifier quelque chose en retour. En alchimie, c'est la loi fondamentale de l'échange équivalent."Edward et Alphonse Elric sont deux jeune apprentit alchimiste quand meur mère meure d'une maladie. Avec un père, lui aussi alchimiste, qui les a abadonné, les deux enfants doivent se débrouiller tant bien que mal pour supporter ce manque de parents. Ainsi, hebergé par Pinako Rockbell, une experte en Auto-Mails, ils décident de consacrer leur vie à l'étude de l'alchimie, dans l'espoir de réussir une transmutation humaine, c'est-à-dire ramener leur mère à la vie. Après avoir tenté l'expérience, le corps d'Alphonse disparu et Edward perdit une jambe. La loi de l'échange équivalent était inachevée. Dans l'espoir de ramener son frère, Ed essaya de scellé l'âme de son frère dans une armure, ce qu'il réussit mais qui lui couta son bras droit. Depuis, Ed est équipé de deux Auto-Mails, genre de greffe mecanique, qui remplacent ces membres perdus.
C'est ainsi que nos deux héros partent en quête de la pierre philosophale, qui permet l'infraction de la loi précédement citée, pour récuperrer leurs apparences respectives.